佐賀キリスト教会の歴史は、１９４７年(昭和２２年)創設者加来国生牧師の佐賀へのキリスト教の開拓伝道に端を発します 。

　加来牧師は、１９４７年４月２日日本バプテスト連盟結成の際、１７名の創立牧師陣の中に名を連ね、直後、連盟より佐賀の開拓伝道に派遣され『リュック一つで』佐賀に入り、以後佐賀を拠点として、唐津、大町･北方、武雄、嬉野、鹿島、鳥栖、大川(福岡県)など広く佐賀県内の主要都市に伝道し、その中から６教会を生み出し、千百名にバプテスマを授け牧師２７名、牧師夫人２０名を輩出しました．牧師在任期間１９４７年〜１９８３年、名誉牧師在任期間１９８４〜１９８７年。

　２代目牧師は、福井正躬牧師です。福井牧師は、当教会にて加来牧師より洗礼を受け中学３年生のとき献身の志を立てられ、加来牧師より指導を仰ぎ神学校卒業後他教会の牧師経験の後 、１９７７年(昭和５２年)に当教会の副牧師として招聘された。当時、加来牧師は、『福井牧師は、幼い時から我が子同様に育って来た人物である。肉の子ではないが真実の子である。彼は、純福音の継承者である。彼は、安心して叱る事も誉めることも頼ることも、教えることも教わることも出来、助けてもらえる人物である。』と語られた。在任期間中は、地区のセンターチャーチとしての新会堂建設、恩寵５０周年誌発行など特に、信徒訓練に力を入れられた。副牧師在任期間１９７７年〜１９８３年、牧師在任期間１９８４〜１９９９年。

　３代目牧師は、水田三郎牧師です。門司港教会を経て２０００年３月より佐賀キリスト教会の３代目牧師として就任。牧師在任期間２０００〜２００６年。

　４代目牧師は、浦肇牧師です。大富伝道所（宮城県）を経て２００８年４月より佐賀キリスト教会の４代目牧師として就任。